STUDI TAKSONOMI BAKTERI VIBRIO SECARA BIOMOLEKULER
Bakteri vibrio merupakan bakteri penyebab penyakit Vibriosis pada ikan air laut dan udang. Penyakit ini telah menyebabkan kematian massal pada budidaya ikan dan udang dengan gejala klinis pada udang yaitu kulit terlihat kusam, hepatopankreas udang berwarna kecoklatan, dan kerusakan kaki renang. Pada ikan kerapu, gejala klinis yang paling nampak adalah mulut berwarna merah dan kerusakan pada insang dan kulit.
Gambar : Bakteri Vibrio
Identifikasi bakteri vibrio penyebab vibriosis perlu dilakukan, untuk mengetahui spesies bakteri yang paling patogen terhadap ikan dan udang sehingga dapat diketahui upaya pencegahan yang paling efektif. Selama ini, identifikasi bakteri vibrio dilakukan dengan pendekatan morfologi dan biokimia. Akan tetapi hasilnya kurang seragam, kurang stabil, dan sangat dipengaruhi oleh penilaian subyektif. Karena hal tersebut, maka identifikasi bakteri vibrio untuk penyusunan taksonomi pada penelitian ini dilakukan secara biomolekuler agar hasilnya lebih valid.
Tujuan penelitian ini adalah menyusun taksonomi bakteri vibrio penyebab vibriosis secara biomolekuler berdasarkan karakter yang diperoleh melalui pengolahan sequense dengan software bioinformatika. Penelitian ini menggunakan berbagai software bioinformatika seperti multilocus sequence analisis (MLSA), Average Amino Acid Identity (AAI), Genomic signature dan Genomic BLAST atlases.
Sebanyak 32 sequens vibrio diidentifikasi menggunakan 16S rDNA; Sequens yang didapat kemudian dicocokkan dengan BLAST di gen bank dan dianalisis menggunakan software bioinformatika untuk mengetahui karakternya. Langkah terakhir yaitu menyusun taksonomi berdasarkan karakter, berdasarkan kodon, dan asam amino penyusun. Ketidaksamaan antar satu spesies dengan yang lain juga dicari, untuk menyatakan bahwa spesies tersebut tidak homolog jauh kekerabatannya satu sama lain. Selain itu, dari ketidaksamaan antar spesies juga terdapat kemungkinan ditemukannya spesies baru.
Hasil penelitian yang didapat adalah
1. Peta kromosom pada vibrio chloreae strain N16961 telah dibuat. Dari peta tersebut dapat diketahui bahwa ada strain vibrio yang hanya memiliki kromosom yang spefisik pada strainnya sendiri, kromosom tersebut tidak dimiliki oleh vibrio lain bahkan dalam satu spesies vibrio.(figur 1 dan 2).
2. Berdasarkan kesamaan asam amino peyusun, Bakteri vibrio dalam satu spesies yang paling dekat kekerabatannya adalah vibrio chloreae dengan vibrio chloreae. Sedangkan vibrio berbeda spesies yang paling dekat kekerabatannya adalah vibrio chloreae dengan vibrio mimicus (figur 3).
3. Pohon pilogenetik telah disusun berdasarkan karakter yang sama hasil dari analisis PCR 16SrDNA. dan dapat diketahui bahwa bakteri vibrio memiliki kekerabatan yag dekat dengan photobacterium (figure 4)
4. Spesies bakteri vibrio patogen pada ikan budidaya yaitu Vibrio parahaemolyticus, Vibrio alginolyticus,Vibrio harveyi, dan vibrio vulnificus memiliki kekerabatan yang dekat dengan jumlah gen yang tidak berbeda jauh (figure 4)
5. Taksonomi vibrio berdasarkan jumlah gen telah disusun pada figur 6. Berdsarkan hasil taksonomi tersebut dapat diketahui bahwa genus vibrio adalah genus bakteri dengan jumlah gen dibawah 26504. Vibrio chloreae memiliki kemiripan dengan vibrio mimicus dengan selisih jumlah gen terendah yaitu sekitar 2000 gen.
Kesimpulan yang dapat diambil dari penelitian ini adalah dalam identifikasi dan karakterisasi bakteri sebaiknya dilakukan menggunakan software software yang ada di web server bioinformatika. Taksonomi bakteri vibrio dan pohon filogenetik pada penelitian ini dapat memperkaya taksonomi bakteri secara umum, Hasil penelitian ini dapat digunakan sebagai referensi penelitian mengenai eksplorasi bakteri vibrio. Identifikasi bakteri vibrio dengan cara sederhana (morfologi, biokimia, rep PCR) dapat dilakukan bila menggunakan strain bakteri yang banyak, namun sebaiknya berdasar pada skema taksonomi yang didapat dari hasil penelitian ini.
Jurnal selengkapnya dapat didownload pada LINK berikut
